“Why?” asked Skylar, aloud to herself. “Why would history have been rewritten?”
- вот тут "почему" и "зачем" равно возможны по контексту, принципиально меняют то, что хотел сказать персонаж (и существенно меняют образ персонажа), и при этом сразу после этого речь заходит о другом, то есть уточнить ситуацию не получается никак.